سید احمد فهرى مترجم رساله لقاءالله درباره غیبتى که در حضور مرحوم حاج میرزا جواد آقا شده مىنویسد: از یکى از دوستان شنیدم که گفت: در مجلس مؤلف بزرگوار، مرحوم حاجى میرزا جواد ملکى - قدس الله نفسه - یکى از حضار غیبتى کرده بود. آن بزرگوار خیلى ناراحتشده و خطاب به غیبت کننده فرموده بود:
چهل روز مرا به زحمت انداختى!
آرى صفاى باطن و نورانیت وجود ایشان به حدى بود که با کوچکترین عمل ناشایست، غبار دورى از یاد خدا را بر وجود خویش حس مىکرد. جام باده هستى مرحوم ملکى به عبادت عشق مىورزید و از یاد خدا و همدمى با آن لذت فراوان مىبرد. او در هر سال سه ماه پى درپى روزه مىگرفت و روزه رجب و شعبان را به رمضان متصل مىکرد.
وى در قنوت نمازهاى نافله، این بیت عارف شیراز را از عمق جان زمزمه مىکرد:
ما را زجام باده هستى خراب کن
زانپیشتر که عالمفانى شود خراب
مرحوم آیةالله حاج شیخ محمدرضا طبسىرحمه الله از شاگردان درس اخلاق مرحوم حاج میرزا جواد آقا، خاطره روزى از روزهاى درس آن استاد فرزانه را این گونه بیان مىکند: دو ساعتبه غروب بود که ایشان براى تدریس درس اخلاق به مدرسه فیضیه تشریف آوردند، در بحث آن روز این آیه قرآن مطرح شد:
«ان الذین قالوا ربنا الله ثم استقاموا تتنزل علیهم الملائکة... ».
بعد از آن این جمله را فرمود: از دنیا نرفتم و در وادى السلام نجف با چشمان خودم دیدم که ارواح مؤمنین دور هم حلقه زدهاند.
